In Japan in de nabije toekomst is er een uitbraak van hondenaanvallen aan de gang.
Hierdoor beslist een corrupte burgemeester alle honden naar het eiland vol afval, Trash Island, te verbannen.
De twaalfjarige Atari Kobayashi reist naar deze plek, op zoek naar zijn huisdier Spots en komt er in aanraking met een meute onder leiding van Rex.
Samen ondernemen ze een epische reis die de toekomst van het hele gebied zal bepalen.