Captain Kirk, Spock, Scotty, Uhura en de rest van de bemanning van de Enterprise hebben twee jaar van hun vijf jaar durende missie erop zitten.
Ze besluiten te stoppen op een buitenpost van de Federatie om even tot rust te kunnen komen van het werk dat ze verrichten.
Daar worden ze echter aangevallen door een vijandige kracht die de naam Krall draagt, waardoor de crew vraagtekens begint te plaatsen bij het nut van hun organisatie.