In Treatment speelt zich af binnen de intieme grenzen van individuele psychotherapeutische sessies met patiënten.
Seizoen 3 draait opnieuw rond Dr. Paul Weston (Gabriel Byrne) die de nawerking van zijn recente scheiding probeert te verwerken, evenals zijn verhuizing naar Brooklyn om zijn praktijk voort te zetten.
Tussen tal van nieuwe emotionele en fysieke problemen (zoals het beven van zijn handen waarvan hij vreest dat dit het begin is van de ziekte van Parkinson, waar zijn vader aan overleden is), behandelt Paul drie nieuwe patiënten (Debra Winger, Irrfan Khan En Dane Dehaan), en gaat hij naar een nieuwe therapeut (Amy Ryan) in New York City.