Met het vertrek van Jack O'Neill, gaat Stargate Command in seizoen 9 een nieuw tijdperk in.
Zijn oude vriend en mentor Hank Landry is teruggeroepen uit zijn pensioen om hem te vervangen als het nieuwe hoofd van Stargate Command, klaar om het SG-1 team te leiden naar een nieuwe vijand, de 'Ori', en hun ambassadeurs de 'Prior'.
De Ori hebben niet alleen een dodelijke plaag op aarde losgelaten - in hun queste om de wereld te regeren plannen ze een massale kruistocht tegen alle 'andersdenkenden'.
Ze hebben een vloot van schepen gebouwd en een 'superpoort' waardoor ze de aarde aan willen vallen.