De vonken springen ervan af in het spectaculaire vijfde seizoen als Woolsey de nieuwe leider van het Atlantis-team wordt.
Ondertussen komt McKay voor zware persoonlijke uitdagingen te staan; Teyla moet de juiste balans zien te vinden tussen haar rol als moeder en haar rol als krijger; Ronan komt oog in oog te staan met zijn verleden en Keller stuit op gevaar en ontvangt hulp, beide uit onverwachte hoek.
Een voorlopige nieuwe verstandhouding met de Wraith neemt een schokkende wending en nieuwe vijanden stellen de moed en de vastberadenheid van het team als nooit tevoren op de proef.