Seizoen 3 gaat verder waar seizoen 2 eindigde.
Na te hebben voorkomen dat de 'Wraith' de aarde overheerst, begint de expeditie aan het derde jaar in de Pegasus Galaxy, waarin de 'Wraith' nog steeds een bedreiging vormen en een nieuwe machtige vijand opduikt die de expeditie en Atlantis wil vernietigen: de 'Asurans'.
Het wordt pas echt ingewikkeld als een mislukt experiment hun enige ZPM (Zero Point Module) verbruikt en ze geen energiebron meer hebben voor de schilden van de stad.
Kort daarop vinden ze een verloren schip van de 'Ancients', maar raken ze de stad Atlantis kwijt wanneer de bemanning van het schip hun eigendom komt opeisen.
De SGC stuurt generaal O'Neill en Richard Woolsey er op uit om tot een overeenkomst te komen tussen 'Aarde' en de 'Ancients', zodat de expeditie terug kan keren naar Atlantis.
Maar al snel nemen O'Neill en Woolsey contact op met 'Aarde' om te vertellen dat de 'Asurans' de stad proberen te veroveren. Ze vermoorden de Ancient-bemanning die de stad na 10.000 jaar opeiste...