De nieuwe bewoners van Atlantis zijn ternauwernood ontkomen aan een aanval van de 'Wraith'.
De nieuwe omgeving bergt nog steeds vele geheimen van de oorspronkelijke bewoners van Atlantis en men is vastberaden om deze geheimen te ontrafelen.
Ondertussen zetten ze de zoektocht voort naar bondgenoten in dit deel van het universum.
Deze pogingen worden echter steeds weer gedwarsboomd door de aanhoudende dreiging van geweldadige vijanden.
Om te overleven zullen de bewoners de ongrijpbare krachtbron moeten vinden die ze zo dringend nodig hebben... of het opstandige teamlid dat men is kwijtgeraakt?