Tamara en Greg hebben Henry via een portaal ontvoerd naar Neverland.
Emma, Mary Margaret, Regina, David, Mr. Gold en Captain Hook varen met z’n zessen achter hen aan om Henry te redden uit de klauwen van de duistere Peter Pan.
Deze onwaarschijnlijke bemanning van de Jolly Roger bestaat echter uit leden die het niet bepaald met elkaar kunnen vinden en dat zorgt voor diverse strubbelingen.
Ondertussen is Neal terug in the Enchanted Forest en wordt hij geholpen door Aurora, Mulan, Phillip en Robin Hood om terug te keren naar zijn familie.
Neal slaagt erin om naar Neverland te reizen, maar het redden van Henry blijkt niet gemakkelijk te zijn, ondanks de hulp die de gehele groep krijgt van Tinker Bell, Ariel en Wendy Darling.
Langzaam maar zeker weet Pan Henry te manipuleren en maakt hij Henry wijs dat Henry de enige is die magie in de hele wereld kan redden.
Pans ware motief voor Henry's ontvoering blijkt echter een stuk duisterder te zijn.