Op het moment dat Thomas (Dylan O’Brien) met een streng beveiligde lift op The Glade wordt afgeleverd, kan hij zich niets herinneren, zelfs zijn eigen naam niet. Wanneer hij wakker wordt, zit hij met 60 jongens gevangen in een gigantisch labyrint dat voortdurend verandert.
Van de buitenwereld herinnert hij zich niets meer, behalve vreemde dromen over een mysterieuze organisatie genaamd W.C.K.D.
Door fragmenten van zijn verleden te verzamelen met aanwijzingen die hij in het labyrint vindt, moet Thomas samen met de andere ‘renners’ een manier zien te vinden om te ontsnappen.
Deze sciencefictionfilm is gebaseerd op de gelijknamige bestseller van James Dashner.