Terwijl Dr. Temperance Brennan (Emily Deschanel) enkele van haar gruwelijkste moordzaken ooit oplost, wordt ze geconfronteerd met de tere eisen van het moederschap en een groeiende relatie met Speciaal FBI-agent Seeley Booth (David Boreanaz).

De spanning stijgt tijdens dit seizoen wanneer de vrouw van een pastoor vermist raakt, postbedienden zelf in de brievenbus verdwijnen en de blikken op Hollywood gericht zijn.
Maar de grootste schok komt wanneer Brennan door de achtergelaten aanwijzingen van een gestoord internetgenie als moordverdachte wordt gezien.