Het is het jaar 2036. De Observers zijn meedogenloze overheersers geworden die de vrije wil en de vrijheid van meningsuiting aan banden leggen. Langzaamaan vergiftigen ze de atmosfeer van de aarde zodat alleen hun eigen soort kan overleven. Toch is niet alles verloren.
Op een reeks videobanden staan gedetailleerde plannen om de Observers ten val te brengen en de planeet terug aan de mensen te geven. De Fringe Division begint aan zijn belangrijkste missie ooit: de tapes bemachtigen, de aanwijzingen volgen, de code ontcijferen en zich voorbereiden op de strijd om de mensheid te redden.
We volgen Fringe wetenschapper Walter Bishop, FBI-agent Olivia Dunham, Peter Bishop, en Henriette, de ondertussen volwassen dochter van Olivia en Peter gedurende 13 afleveringen die boordevol vechtpartijen, verrassingen en opofferingen zitten. Dit wordt een explosief en emotioneel laatste seizoen.