Een buitenaards fenomeen van ongekende grootte komt op de Aarde af, alles op zijn weg vernietigend. Het enige schip in het bereik is de U.S.S. Enterprise.
Terwijl kapitein Decker zijn schip klaarmaakt voor het gevaar arriveert de legendarische kapitein James T. Kirk met het bevel om de leiding over de Enterprise over te nemen.
Het is echter al drie jaar geleden dat Kirk de Enterprise voor het laatst leidde... is de taak om de Aarde te redden wel aan hem besteed?